#вечерняя_биодичь глазами органика.
SELEX аптамеров из L-ДНК.
нужна всего лишь D-полимераза. Да, полностью из D-аминокислот.
А сами L-аптамеры интересны тем, что имеют гораздо более высокую стабильность в организме, поскольку не подвержены гидролизу природными нуклеазами.
SELEX аптамеров из L-ДНК.
нужна всего лишь D-полимераза. Да, полностью из D-аминокислот.
А сами L-аптамеры интересны тем, что имеют гораздо более высокую стабильность в организме, поскольку не подвержены гидролизу природными нуклеазами.
Nature
Directed evolution and selection of biostable l-DNA aptamers with a mirror-image DNA polymerase
Nature Biotechnology - Mirror-image PCR and l-DNA sequencing-by-synthesis enable the directed evolution and selection of functional l-DNA aptamers.
Сегодня здесь будет вывешено три вакансии к нам в группу синтеза. Stay tuned.
#вакансия #хантим
Химик-синтетик на синтез олигонуклеотидов
(подробное описание вакансии: https://telegra.ph/Himik-sintetik-na-sintez-oligonukleotidov-12-03)
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется химик-органик на синтез олигонуклеотидов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности:
В составе группы из двоих человек осуществлять эксплуатацию комплекса олигонуклеотидного синтезатора. Опыт работы с олигонуклеотидами - в любом варианте - является плюсом.
Хотя бы что-то, не обязательно уметь все, если что - доучим.
- Анализ научной литературы.
- Тщательное ведение лабораторной документации.
- Подсчет расходов и ведение учета реагентики, включая своевременный заказ необходимого.
- поддержание версионирования протоколов.
синтез
- Выполнение синтезов требуемых олигонуклеотидов (DrOligo Xlc 768, DrOligo 48).
- Подготовка, осушка и очистка реагентов для олигонуклеотидного синтезатора.
- Аналитический контроль качества олигонуклеотидов.
(опыт с хотя бы одним из перечисленных методов будет плюсом: МАЛДИ, гель-электрофорез, капиллярный электрофорез и/или препаративная и аналитическая ВЭЖХ).
- Препаративное выделение олигонуклеотидов - ОФ ВЭЖХ (приборный комплекс - jetchrom, scanlab, Acta 25), очистка на картриджах, полиакриламидный гель.
pro-уровень
- В перспективе - освоение синтеза фосфоротиоатных, морфолиновых олигонуклеотидов, PNA, LNA.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
Химик-синтетик на синтез олигонуклеотидов
(подробное описание вакансии: https://telegra.ph/Himik-sintetik-na-sintez-oligonukleotidov-12-03)
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется химик-органик на синтез олигонуклеотидов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности:
В составе группы из двоих человек осуществлять эксплуатацию комплекса олигонуклеотидного синтезатора. Опыт работы с олигонуклеотидами - в любом варианте - является плюсом.
Хотя бы что-то, не обязательно уметь все, если что - доучим.
- Анализ научной литературы.
- Тщательное ведение лабораторной документации.
- Подсчет расходов и ведение учета реагентики, включая своевременный заказ необходимого.
- поддержание версионирования протоколов.
синтез
- Выполнение синтезов требуемых олигонуклеотидов (DrOligo Xlc 768, DrOligo 48).
- Подготовка, осушка и очистка реагентов для олигонуклеотидного синтезатора.
- Аналитический контроль качества олигонуклеотидов.
(опыт с хотя бы одним из перечисленных методов будет плюсом: МАЛДИ, гель-электрофорез, капиллярный электрофорез и/или препаративная и аналитическая ВЭЖХ).
- Препаративное выделение олигонуклеотидов - ОФ ВЭЖХ (приборный комплекс - jetchrom, scanlab, Acta 25), очистка на картриджах, полиакриламидный гель.
pro-уровень
- В перспективе - освоение синтеза фосфоротиоатных, морфолиновых олигонуклеотидов, PNA, LNA.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
#вакансия #хантим
Структурный биолог/биоинформатик
подробное описание вакансии по ссылке: https://telegra.ph/Strukturnyj-biologbioinformatik-12-03
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется структурный биолог/биоинформатик на проект по созданию искусственных ферментов/мутагенезу ферментов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности
- Анализ научной и патентной литературы.
- Предложение гипотез по направленному мутагенезу ферментов.
- Дизайн как на уровне доменов, так и на уровне точечных аминокислотных замен в активном центре.
- Консенсусный дизайн, выравнивание.
Желательные навыки:
- in-silico моделирование: молдинамика (XTB, Gromacs, ...), докинг (Autodock, ...), AlphaFold.
- Бенчмаркинг инструментов предсказания ddG фолдинга в зависимости от аминокислотных замен, поиск инструментов предсказания термической стабильности ферментов (i.e. FIREPROT)
- Внедрение в использование моделей фолдинга, например SCM. Поиск и применение готовых программных пакетов или написание скриптов.
- Автоматизация статистической обработки данных с секвенирования.
- Написание скриптов автоматизации оборудования и поддержание версионирования документации.
Научные задачи:
Ключевая тематика лаборатории - искусственные ферменты. Мутагенез ферментов, имеющих ценное прикладное значение.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
Структурный биолог/биоинформатик
подробное описание вакансии по ссылке: https://telegra.ph/Strukturnyj-biologbioinformatik-12-03
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется структурный биолог/биоинформатик на проект по созданию искусственных ферментов/мутагенезу ферментов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности
- Анализ научной и патентной литературы.
- Предложение гипотез по направленному мутагенезу ферментов.
- Дизайн как на уровне доменов, так и на уровне точечных аминокислотных замен в активном центре.
- Консенсусный дизайн, выравнивание.
Желательные навыки:
- in-silico моделирование: молдинамика (XTB, Gromacs, ...), докинг (Autodock, ...), AlphaFold.
- Бенчмаркинг инструментов предсказания ddG фолдинга в зависимости от аминокислотных замен, поиск инструментов предсказания термической стабильности ферментов (i.e. FIREPROT)
- Внедрение в использование моделей фолдинга, например SCM. Поиск и применение готовых программных пакетов или написание скриптов.
- Автоматизация статистической обработки данных с секвенирования.
- Написание скриптов автоматизации оборудования и поддержание версионирования документации.
Научные задачи:
Ключевая тематика лаборатории - искусственные ферменты. Мутагенез ферментов, имеющих ценное прикладное значение.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
#вакансии #хантим
Генный инженер/биотехнолог
подробное описание вакансии по ссылке: https://telegra.ph/Gennyj-inzhenerbiotehnolog-12-03
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется генный инженер с навыками работы с рекомбинантными белками (экспрессия, очистка) на проект по созданию искусственных ферментов/мутагенезу ферментов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности:
- Анализ научной и патентной литературы.
- Сборка генетических конструкций, скрининг клонов, исправление ошибок.
- Подбор условий экспрессии, разработка выделения и очистки целевых рекомбинантных белков.
- В группе из трех человек: дизайн экспериментов по направленной эволюции и сайт-специфическому мутагенезу целевых ферментов.
pro-уровень:
- В группе из трех человек: налаживание процесса скрининга клонов в микрокаплях (FACS, клеточные сортеры) в рамках внутри-институтской коллаборации с лабораторией микрофлюидики.
legendary-уровень:
- Дрожжевой дисплей, E.Coli дисплей.
Научные задачи:
Ключевая тематика лаборатории - искусственные ферменты. Мутагенез ферментов, имеющих ценное прикладное значение.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
Генный инженер/биотехнолог
подробное описание вакансии по ссылке: https://telegra.ph/Gennyj-inzhenerbiotehnolog-12-03
В группу пептидного и олигонуклеотидного синтеза НИИ СБМ Роспотребнадзора, Москва, требуется генный инженер с навыками работы с рекомбинантными белками (экспрессия, очистка) на проект по созданию искусственных ферментов/мутагенезу ферментов.
Руководители направления: академик В.М. Говорун, к.х.н. Федоров О.В.
ЗП: Конкурентная в рамках научного и Хим/Биотех-R'n'D рынков заработная плата.
Вилка: 100-130к.
Вилка для к.х.н./PhD - обсуждается на живом собеседовании.
Обязанности:
- Анализ научной и патентной литературы.
- Сборка генетических конструкций, скрининг клонов, исправление ошибок.
- Подбор условий экспрессии, разработка выделения и очистки целевых рекомбинантных белков.
- В группе из трех человек: дизайн экспериментов по направленной эволюции и сайт-специфическому мутагенезу целевых ферментов.
pro-уровень:
- В группе из трех человек: налаживание процесса скрининга клонов в микрокаплях (FACS, клеточные сортеры) в рамках внутри-институтской коллаборации с лабораторией микрофлюидики.
legendary-уровень:
- Дрожжевой дисплей, E.Coli дисплей.
Научные задачи:
Ключевая тематика лаборатории - искусственные ферменты. Мутагенез ферментов, имеющих ценное прикладное значение.
Контакты:
Присылать мотивационное письмо и резюме => к.х.н., с.н.с. лаборатории мультиомиксных исследований НИИ СБМ Федорову Олегу Владимировичу:
[email protected]
https://www.tg-me.com/o_fedorov
Ну вот, собственно. лайк, шер, репост. Спешки нет, выбираем вдумчиво, кто заинтересуется - приходите знакомиться, покажем условия работы и институт.
Делюсь списком дружественных, полезных, или просто любопытных каналов по хим-, фарм- и общенаучной тематике.
https://www.tg-me.com/addlist/Utse-aIxLdM4YWQy
Отдельно рекомендую дорогих братьев:
Small Pharma
Кружок пейпеца
Медач
Биоинформатика и лапки
Докторские байки
Акцент на авторские и маленькие каналы, потому что я верю, что они есть соль всея телеграма.
Какие-то активны и здравствуют, какие-то давно (и к глубочайшему сожалению) прекратили свою активность, но сохраняют ценность архивную, поскольку выкладывали полезную информацию и вдохновляли.
https://www.tg-me.com/addlist/Utse-aIxLdM4YWQy
Отдельно рекомендую дорогих братьев:
Small Pharma
Кружок пейпеца
Медач
Биоинформатика и лапки
Докторские байки
Акцент на авторские и маленькие каналы, потому что я верю, что они есть соль всея телеграма.
Какие-то активны и здравствуют, какие-то давно (и к глубочайшему сожалению) прекратили свою активность, но сохраняют ценность архивную, поскольку выкладывали полезную информацию и вдохновляли.
Telegram
CHEM&SCI
Oleg Fedorov invites you to add the folder “CHEM&SCI”, which includes 54 chats.
Forwarded from AnanikovLab
Белецкая Ирина Петровна лауреат международной премии UNESCO имени Д.И. Менделеева в области фундаментальных наук.
Белецкая Ирина Петровна получила признание "..за фундаментальный научный вклад в химическую науку, новаторскую работу по разработке новых металлоорганических реакций, применение катализаторов на основе переходных металлов и наночастиц металлов в органическом синтезе, а также за активное участие в развитии научного образования. международное сотрудничество и развитие устойчивой, зеленой химии".
Она внесла значительный вклад в современную химию, наряду с Бахвальдом и Хартвигом в 1995 году разработав новый метод синтеза связей атомов углерода и азота. Эти связи играют ключевую роль в биологически активных молекулах и лекарствах, упрощая синтез органических соединений химикам-синтетикам и медикам.
Кроме того, она доказала важность редкоземельных элементов в органической химии, показав, что органолантаниды могут быть эффективными катализаторами в агропродовольственной, нефтехимической и фармацевтической промышленности. Например, органолантаниды используются для создания продуктов, объединяющих органику и кремний, таких как клеи, покрытия и герметики в процессе гидросилилирования.
Премия будет вручена в Москве, 13 декабря.
🥇🎉Поздравляем Ирину Петровну с заслуженной наградой!
Белецкая Ирина Петровна получила признание "..за фундаментальный научный вклад в химическую науку, новаторскую работу по разработке новых металлоорганических реакций, применение катализаторов на основе переходных металлов и наночастиц металлов в органическом синтезе, а также за активное участие в развитии научного образования. международное сотрудничество и развитие устойчивой, зеленой химии".
Она внесла значительный вклад в современную химию, наряду с Бахвальдом и Хартвигом в 1995 году разработав новый метод синтеза связей атомов углерода и азота. Эти связи играют ключевую роль в биологически активных молекулах и лекарствах, упрощая синтез органических соединений химикам-синтетикам и медикам.
Кроме того, она доказала важность редкоземельных элементов в органической химии, показав, что органолантаниды могут быть эффективными катализаторами в агропродовольственной, нефтехимической и фармацевтической промышленности. Например, органолантаниды используются для создания продуктов, объединяющих органику и кремний, таких как клеи, покрытия и герметики в процессе гидросилилирования.
Премия будет вручена в Москве, 13 декабря.
🥇🎉Поздравляем Ирину Петровну с заслуженной наградой!
Десант химиков от нашей группы синтеза на секции "ГенТех" конференции с запоминающимся названием АПОХ в Шерегеше 🔥
Поговорили об энзиматическом синтезе ДНК, разработке искуственных ферментов и получении рекомбинантных стандартов для количественной протеомики (QCONCAT).
Поговорили об энзиматическом синтезе ДНК, разработке искуственных ферментов и получении рекомбинантных стандартов для количественной протеомики (QCONCAT).
Forwarded from Бiоинформатика и лапки
Котан из Лапкочата напомнил, что вообще реверс-инженерия нужна не только для того, чтобы спиздить чужую технологию. Вообще-то наука и технология работает не так, как описывает Юдковский в своем Гарри Поттере (другую книгу надо блеат). Знания, ноу хау и умения утрачиваются постоянно. Нужно уметь в реверс иногда просто для того, чтобы снова повторить то, что однажды сделала кучка потных и прыщавых задротов из условного MIT в 50-х, потому что тебе это сакральное знание понадобилось для твоей задачи. Реверс-инженерия, умение переделать чужой проект на базе готового изделия, неиронично помогает не изобретать велосипед лишний раз, не проходить процесс проб и ошибок в какой-то части уникальной задачи заново. ЭТО БАЗА, котаны и котессы.
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#обозревая_происходящее
Вот это да. В смысле, охренеть. Свеженькая статья в Nature - генетически кодируемый (!) "дизайнерский" фермент с фрагментом бороновой кислоты, который работает как энантиоселективный катализатор. Это вполне себе прорыв в биокатализе.Все бы голландцам (авторы из Нидерландов) всякое дизайнерское варить...
Для неспециалистов: есть "биологические" катализаторы-ферменты, как правило, это очень сложные большие органические молекулы (чаще белки, но не только). Именно они ответственны за многие удивительные и невообразимые с позиции классической химии превращения веществ в живых организмах. Их преимущества - в их высокой точности и эффективности, поэтому такие прекрасные реагенты уже давно поставили на службу народному хозяйству, получая не толькобанальный этанол всякие интересные напитки, но и очень многие нужные вещества.
Проблема с ферментами в том, что в них по умолчанию присутствуют только "природные" фрагменты - функциональные группы. Да, их довольно много и из них обычно можно собрать нужный "ансамбль", который будет катализатором для той или иной реакции. Но иногда понятно сразу: если бы в белок можно было бы впендюрить "противоестественный" фрагмент, то катализ пойдет еще лучше. А если это сделать так, чтобы такой белок был еще и генетически кодируемым и его сам можно было бы нарабатывать биотехнологически, то вообще победа.
Так вот, именно это и было сделано. В белок ввели бор в виде пара-боронфенилаланина, который таки поддается кодированию, и в итоге получился фермент, катализирующий несколько интересных реакций именно из-за наличия бора. Это, конечно, один из первых шагов, но по мере появления новых "дизайнерских ферментов" в инструментарии биотеха появится куда больше интересного.
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07391-3
Вот это да. В смысле, охренеть. Свеженькая статья в Nature - генетически кодируемый (!) "дизайнерский" фермент с фрагментом бороновой кислоты, который работает как энантиоселективный катализатор. Это вполне себе прорыв в биокатализе.
Для неспециалистов: есть "биологические" катализаторы-ферменты, как правило, это очень сложные большие органические молекулы (чаще белки, но не только). Именно они ответственны за многие удивительные и невообразимые с позиции классической химии превращения веществ в живых организмах. Их преимущества - в их высокой точности и эффективности, поэтому такие прекрасные реагенты уже давно поставили на службу народному хозяйству, получая не только
Проблема с ферментами в том, что в них по умолчанию присутствуют только "природные" фрагменты - функциональные группы. Да, их довольно много и из них обычно можно собрать нужный "ансамбль", который будет катализатором для той или иной реакции. Но иногда понятно сразу: если бы в белок можно было бы впендюрить "противоестественный" фрагмент, то катализ пойдет еще лучше. А если это сделать так, чтобы такой белок был еще и генетически кодируемым и его сам можно было бы нарабатывать биотехнологически, то вообще победа.
Так вот, именно это и было сделано. В белок ввели бор в виде пара-боронфенилаланина, который таки поддается кодированию, и в итоге получился фермент, катализирующий несколько интересных реакций именно из-за наличия бора. Это, конечно, один из первых шагов, но по мере появления новых "дизайнерских ферментов" в инструментарии биотеха появится куда больше интересного.
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07391-3
Nature
Boron catalysis in a designer enzyme
Nature - A completely genetically encoded boronic-acid-containing designer enzyme was created and characterized using X-ray crystallography, high-resolution mass spectrometry and 11B NMR...